A FCR tem por Missão a promoção plena da pessoa humana por meio do ensino de excelência, do fomento à pesquisa e do cuidado especial para com a extensão comunitária, fundamentada nos princípios ético-cristãos, na inclusão social e no desenvolvimento sustentável da Região Amazônica.
A Visão da FCR é ser referência nacional na produção e disseminação do conhecimento, por meio da indissociabilidade do ensino, da pesquisa e da extensão, contribuindo com o desenvolvimento cultural, econômico, educacional, político, religioso e social da Região Amazônica.
No cumprimento de sua Missão, a FCR norteará suas ações nos seguintes Valores, entre outros: humanístico-cristão; solidariedade; respeito ao pluralismo e à diversidade; responsabilidade com o meio ambiente; formação de excelência e inclusão social; compromisso social; cooperativismo e sustentabilidade; diálogo intercultural e inter-religioso.